NPO法人、企業組合から組織変更した後、これらの法人を所管していた行政庁には何か届け出る必要はありますか。

効力発生日から２週間以内に法務局へ形式的な解散登記、設立登記をすることとされていますが、登記手続き完了後遅滞なく、NPO法人、企業組合を所管していた行政庁に、組織変更した旨の届出を行う必要があります。
組織変更後届出様式例等は厚生労働省ウェブサイトや労働者協同組合法の手引きをご確認ください。https://www.mhlw.go.jp/stf/newpage_14982.html